Sự khác nhau chính là thực phẩm sạch sử dụng phân bón vô cơ, thuốc trừ sâu trong mức cho phép, còn thực phẩm hữu cơ nuôi trồng theo quy trình canh tác nghiêm ngặt, tuyệt đối không sử dụng hóa chất bảo vệ thực vật, không biến đổi gen, không phân bón hóa học.
Thực phẩm sạch được nguồn nuôi trồng cho phép sử dụng lượng nhỏ hóa chất như thuốc trừ sâu, chất bảo quản theo đúng quy trình và liều lượng. Sản phẩm ra thị trường có dư lượng hóa chất dưới mức cho phép, không gây hại cho sức khỏe người tiêu dùng. Vì thế, đây vẫn là sản phẩm thuộc nhóm thực phẩm an toàn.
Thực phẩm hữu cơ được nuôi trồng từ nguồn sản xuất không sử dụng bất kỳ hóa chất nào. Chúng được nuôi trồng, sản xuất trong một quy trình đảm bảo, an toàn, không được gần quốc lộ, nhà máy, đất trồng và nguồn nước cũng không được phép chứa kim loại nặng hoặc các chất độc tự nhiên. Do đó loại thực phẩm này sẽ có giá thành tương đối cao.
Thực phẩm sạch trên thị trường sẽ có giá “mềm” hơn thực phẩm hữu cơ mà vẫn đảm bảo an toàn cho sức khỏe nên dễ tiếp cận với người tiêu dùng hơn. Mọi người có thể cân nhắc lựa chọn thực phẩm tốt nhất cho người thân phù hợp với điều kiện kinh tế của gia đình.